Γεννήθηκε στην Λυδία Καβάλας.
Το πρώτο του ποδοσφαιρικό δελτίο το υπέγραψε με την ομάδα της Λυδίας, την Δόξα.
Ξεκίνησε την επαγγελματική του καριέρα στην Καβάλα το 1989 και το 1992 πήρε μεταγραφή στον ΠΑΟΚ.
Τον Ιανουάριο του 1998 ταξίδεψε στην Αγγλία για να αγωνιστεί στην Πρέμιερ Λιγκ με την φανέλα της Λέστερ.
Ήταν μέλος της ομάδας που κατέκτησε το Λιγκ Καπ Αγγλίας αν και δεν αγωνίστηκε στον τελικό.
Το 2000 επέστρεψε στην Ελλάδα φορώντας την φανέλα της ΑΕΚ.Μετά την κατάκτηση του Γιούρο, έπαιξε ένα χρόνο στο Καμπιονάτο, με την ομάδα της Μπολόνια και επέστρεψε για να κλείσει την καριέρα του στην Θεσσαλονίκη, σε μια δεύτερη θητεία με την φανέλα του ΠΑΟΚ.
Ο Θοδωρής Ζαγοράκης αγωνίστηκε για πρώτη φορά με την Εθνική Ελλάδας στις 7 Σεπτεμβρίου 1994, στον εκτός έδρας αγώνα εναντίον των Νήσων Φερόε, για τα προκριματικά του Euro 1996. Βρίσκεται στη δεύτερη θέση όλων των εποχών σε συμμετοχές, πίσω από τον Γιώργο Καραγκούνη, έχοντας συνολικά 120 (στο διάστημα 1994-2007).
Υπήρξε ο αρχηγός της ομάδας που κατέκτησε το Euro 2004 που διεξήχθη στην Πορτογαλία, συμμετέχοντας ως βασικός και για ενενήντα λεπτά στους έξι αγώνες που έδωσε η ελληνική ομάδα, ενώ ανακηρύχθηκε και πολυτιμότερος ποδοσφαιριστής της διοργάνωσης, στην κορυφαία του στιγμή με τη γαλανόλευκη φανέλα και γενικότερα της καριέρας του.
Η τελευταία του συμμετοχή πραγματοποιήθηκε στις 22 Αυγούστου 2007, στον φιλικό αγώνα στο γήπεδο της Τούμπας με αντίπαλο την Ισπανία, στον οποίο τιμήθηκε για την πολυετή προσφορά του στην ελληνική εθνική ομάδα.
Με απλά και λίγα λόγια..
Είχε άστρο.
Τρεχαντήρι, ψυχή και δυνατός στις μονομαχίες.
Το 2004 εφτασε στο σημείο να είναι μέσα στις υποψηφιότητες για την Χρυσή Μπάλα.
Μεγάλη υπόθεση για Έλληνα ποδοσφαιριστή.
Θοδωρής Ζαγοράκης!!
