Την τελευταία μέρα του μεταγραφικού παζαριού, στις 31 Αυγούστου 2002, ο Νέστα έκανε μια συγκλονιστική μεταγραφή στην Μίλαν με κόστος 31 εκατομμύρια ευρώ.
Ήταν μια απίστευτη υπογραφή για τη Μίλαν του Μπερλουσκόνι που κέρδισε τον καλύτερο Ιταλό αμυντικό για να αντικαταστήσει το κενό που άφησε ο Φράνκο Μπαρέζι και να τον παρατάξει με τον Πάολο Μαλντίνι.
Στην πρώτη του σεζόν με τους Ροσονέρι, κέρδισε το Champions League την σεζόν 2002-2003 νικώντας τη Γιουβέντους στα πέναλτι στο Μάντσεστερ.
Την επόμενη σεζόν κέρδισε το Σούπερ Καπ Ευρώπης κόντρα στην Πόρτο και το πρωτάθλημα με τη Μίλαν.
Τη σεζόν 2004-2005 κατέκτησε το Σούπερ Καπ Ιταλίας με τη Μίλαν κερδίζοντας τη δική του Λάτσιο...
Μια σεζόν που θα μπορούσε να ήταν αξέχαστη, αλλά καταστράφηκε στην Κωνσταντινούπολη χάνοντας στα πέναλτι εκείνον τον ατυχέστατο τελικό από τη Λίβερπουλ, στον οποίο η Μίλαν προηγήθηκε με τρία γκολ στο πρώτο ημίχρονο.
Το 2007 θα κερδίσει ξανά το Τσάμπιονς Λιγκ στην Αθήνα, σε έναν τελικό, που θυμίζει ρεβάνς του 2005, πάλι απέναντι στους Reds του Μπενίτεθ.

 «Όσοι γεννιούνται στα προάστια συχνά τείνουν να θεωρούν τους εαυτούς τους μειονεκτούντες.
Αντίθετα, έχουν ένα περισσότερο όπλο από τους άλλους, την πονηριά.
Ο δρόμος σε ξυπνά, σου μαθαίνει πώς να ζεις, σου δίνει διαφορετικά κίνητρα.
Όταν ήμουν παιδί σκεφτόμουν μόνο το ποδόσφαιρο.
Όταν ήμουν μόνος φαντασιόμουν να παίζω στο Olimpico.
Όταν ο πατέρας μου μου αγόρασε καινούργια παπούτσια κοιμόμουν φορώντας τα στα πόδια μου για να τα φορμάρω.
Ο πατέρας μου είχε εμμονή με το ποδόσφαιρο, αλλά πάνω απ'όλα στη Cinecittà, ρωμέικη συνοικία, ζούσαμε σε ένα γιγάντιο κτίριο, υπήρχαν ίσως 300 οικογένειες, αλλά όλοι μας ήξεραν, ήμασταν οι Nestas, οι άνθρωποι της Λάτσιο.
Δεν ήθελα να φύγω από το Λάτσιο, έπαιξα μόνο εκεί και σκέφτηκα ότι θα καταλήξω στη Λάτσιο μέχρι το τέλος.
Δύο χρόνια νωρίτερα με είχαν ζητήσει από τη Ρεάλ Μαδρίτης και είχα αρνηθεί.
Σήμερα το σκέφτομαι ακόμα, αλλά η μοίρα με αντάμειψε και κατέληξα στο Μιλάνο, σχεδόν αναγκασμένος.
Σήμερα όμως ευχαριστώ τον Θεό.
 Κέρδισα τα πάντα και πέρασα υπέροχα στο Μιλάνο.
Αλλά η έξοδος από τη Λάτσιο και τη Ρώμη ήταν σα να ξεριζώνω βαθιές ρίζες».
Αλεσάντρο Νέστα