Ο Θοδωρής Ζαγοράκης άρχισε να παίζει ποδόσφαιρο στις αλάνες και στην συνέχεια στο χωμάτινο γήπεδο της Λυδίας, απ’ όπου, σε ηλικία 17 ετών, μεταπήδησε στον ΑΟ Καβάλας.
Το 1992 πήρε μεταγραφή στον ΠΑΟΚ και πεντέμισι χρόνια αργότερα έγινε ο δεύτερος Έλληνας ποδοσφαιριστής που συνεργάστηκε με σύλλογο του εξωτερικού.
Για περίπου 20 χρόνια αγωνίστηκε σε ομάδες όπως: Καβάλα, ΠΑΟΚ, Λέστερ, ΑΕΚ, Μπολόνια. Το 2004, ως αρχηγός, οδήγησε την Εθνική Ελλάδος στην κατάκτηση του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος – μία από τις πιο σημαντικές στιγμές του ελληνικού αθλητισμού. Ανακηρύχθηκε Πολυτιμότερος Παίκτης του τουρνουά και 5ος καλύτερος Ευρωπαίος Ποδοσφαιριστής για το 2004.
Είναι ο πρώτος Έλληνας που ξεπέρασε τις 100 συμμετοχές με την φανέλα της Εθνικής Ελλάδος, φτάνοντας συνολικά τις 120 συμμετοχές.
Μέλος της Dream Team Ελλήνων όλων των εποχών που επέλεξε η Διεθνής Ομοσπονδία Ιστορίας και Στατιστικής του Ποδοσφαίρου (IFFHS) το 2021 και υποψήφιος για τη Χρυσή Μπάλα το 2004 (κατετάγη 5ος με 44 βαθμούς, η υψηλότερη θέση Έλληνα παίκτη).
Αποσύρθηκε από την ενεργό δράση τον Μάιο του 2007.
Στις 25 Μαΐου 2014 εξελέγη ευρωβουλευτής, θέση που διατήρησε και μετά τις εκλογές του Μαΐου 2019.
Είναι παντρεμένος με την Ιωάννα Λίλη και έχουν αποκτήσει δύο παιδιά, τη Μαρία και τον Γιάννη.
Ο πρόλογος της αυτοβιογραφίας του δεν θα μπορούσε φυσικά να είχε γραφτεί από κάποιον άλλο πέρα από τον «βασιλιά Όττο» (Ότο Ρεχάγκελ), τότε προπονητή της εθνικής Ελλάδος. «Στο EURO του 2004 δεν μας πήραν στα σοβαρά, μας περιφρονούσαν…
Κερδίσαμε κυρίως επειδή η ομάδα αποτελούνταν από πολύ καλούς ποδοσφαιριστές.
Ο Ζαγοράκης, για παράδειγμα, επιλέχθηκε ως ο καλύτερος παίκτης ολόκληρης της διοργάνωσης για κάποιον λόγο…» ήταν μερικά από τα λόγια του Γερμανού προπονητή σε πρόσφατη συνέντευξη που έδωσε συνοψίζοντας το μεγαλείο της ποδοσφαιρικής στιγμής.
