Ξεκίνησε την καριέρα του από την Χέμστεντε, την ομάδα της πόλης που γεννήθηκε και στην συνέχεια αποκτήθηκε από τον Άγιαξ του Ρίνους Μίχελς, το 1970.
Ήταν μέλος της ομάδας του Άγιαξ που κατέκτησε το Κύπελλο Πρωταθλητριών το 1971 στον τελικό εναντίον του Παναθηναικού, αγωνιζόμενος ως δεξιός μπακ.
Από την επόμενη χρονιά άρχισε να αγωνίζεται ως μέσος, δίπλα στον Γιόχαν Κρόιφ και προσαρμόστηκε εξαιρετικά στον νέο του ρόλο. Έτσι απέκτησε το παρατσούκλι Johan Segon (“Γιόχαν ο Δεύτερος”).
Ήταν ένας ολοκληρωμένος παίκτης, το πέρασμα του, η ντρίμπλα του, η άμυνά του, η εναέρια ικανότητα του, η δυνατότητα συνεργασίας, η εξαιρετική φυσική του κατάσταση τον κατέστησαν ως έναν απο τους καλύτερους ολλανδούς ποδοσφαιριστές.
Ίσως περισσότερο από οποιοδήποτε άλλον αντιπροσωπεύει το πρότυπο του παίκτη του ολοκληρωτικού ποδοσφαίρου.
Μαζί με τον Κρόιφ έχουν επηρεάσει την ιδέα και τις έννοιες του χρόνου, του χώρου και της κίνησης στα γήπεδα ποδοσφαίρου.
Λόγω αυτής της συνεργασίας, τα πάντα άλλαξαν στην λειτουργία της ομάδας.
Ο συνδυασμός της νοημοσύνης με την απαιτούμενη φυσική απόδοση αποδείχθηκε στο γήπεδο μέσω της συνεργασίας των δύο Γιόχαν…
Όταν ο Νέσκενς εντάχθηκε στην ομάδα του Ρίνους Μίχελς το 1970, έπαιξε μεγάλο ρόλο στο να επιτρέψει στον Κρόιφ να δημιουργήσει την μαγεία.
Με τον Άγιαξ κατέκτησε τρία συνεχόμενα Κύπελλα Πρωταθλητριών (1971, 1972, 1973) και το 1974 ακολούθησε τους Κρόιφ και Μίχελς στην Μπαρτσελόνα.
Τα πέντε χρόνια του στην Μπαρτσελόνα δεν ήταν ιδιαίτερα επιτυχημένα, αλλά ήταν ιδιαίτερα δημοφιλής.
Αγωνίστηκε συνολικά σε 233 παιχνίδια, σημείωσε 54 γκολ και κέρδισε δύο τίτλους.
Το 1975-76 ήταν ο πρώτος νικητής του βραβείου Don Balón ως καλύτερος ξένος παίκτης του ισπανικού πρωταθλήματος.
Το 1979 πήρε μεταγραφή για την Νιου Γιορκ Κόσμος, όπου αγωνίστηκε μέχρι το 1984.
Εκεί, μαζί με τον Φραντς Μπεκενμπάουερ και τον Κάρλος Αλμπέρτο Τόρες, κέρδισε το πρωτάθλημα NASL το 1980 και το 1982 (και δεύτερη θέση το 1981).
Σε έξι σεζόν πέτυχε 17 γκολ σε 94 παιχνίδια και ήταν στην καλύτερη ομάδα τρεις φορές, το 1979, 1980 και 1982.
Έπειτα αγωνίστηκε στις Γκρόνιγκεν, Σάουθ Φλόριντα Σανς του USL (United Soccer League), την Κάνσας Σίτι Κόμετς και έκλεισε την καριέρα του στην Ελβετία, αγωνιζόμενος με τις ΦΚ Μπάαρ και Τσουγκ.
Ο Νέσκενς πραγματοποίησε το ντεμπούτο του με την εθνική ομάδα το 1970 και πραγματοποίησε 49 συμμετοχές με το εθνόσημο μέχρι το 1981, σκοράροντας 17 φορές.
Ήταν σημαντικό μέλος της ομάδας η οποία έφτασε στον τελικό τόσο στο Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου του 1974 όσο και το 1978.
Στον τελικό του 1974 σκόραρε το πρώτο γκολ του αγώνα, με δυνατό πέναλτι στο δεύτερο λεπτό του αγώνα.
Όπως παραδέχτηκε ο ίδιος αργότερα παρά την αποφασιστικότητά του πριν τον αγώνα, ήταν η μόνη φορά που ήταν νευρικός σε τέτοια διαδικασία.
Συμπεριλήφθηκε και στην καλύτερη ομάδα της διοργάνωσης.
Επίσης ήταν δεύτερος σκόρερ της διοργάνωσης με 5 τέρματα.
Ήταν επίσης μέλος της ομάδας που κατέκτησε την τρίτη θέση στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα Ποδοσφαίρου του 1976.
Μετά την απόσυρσή του από την ενεργό δράση το 1991, ο Νέσκενς ανέλαβε βοηθός προπονητή στην εθνική Ολλανδίας υπό τις οδηγίες αρχικά του Γκους Χίντιγκ και έπειτα του Φρανκ Ράικαρντ.
Το περιοδικό World Soccer τον συμπεριέλαβε στους 100 καλύτερους ποδοσφαιριστές του 20ού αιώνα.
