Τον Ιούνιο του 2001, η νέα τότε διοίκηση της ΑΕΚ προσέλαβε τον Φερνάντο Σάντος στον πάγκο της ομάδας.
Η ΑΕΚ με παίκτες όπως ο Ντέμης Νικολαΐδης, ο Θοδωρής Ζαγοράκης, ο Βασίλης Τσιάρτας και ο Κάρλος Γκαμάρα, διεκδίκησε το πρωτάθλημα ως την τελευταία αγωνιστική και δύο αγωνιστικές πριν το τέλος είχε διαφορά τριών βαθμών από τον Ολυμπιακό, απέμενε όμως ο μεταξύ τους αγώνας στο ΟΑΚΑ, τον οποίο ο Ολυμπιακός κέρδισε τελικά 4-3 και έπιασε την ΑΕΚ στην κορυφή της βαθμολογίας, έχοντας όμως υπέρ του την ισοβαθμία, καθώς είχε νικήσει και στη Νέα Φιλαδέλφεια (2-3) στον πρώτο γύρο.
Την τελευταία αγωνιστική, η ΑΕΚ νίκησε με 6-2 τον ΠΑΟΚ, αλλά ο Ολυμπιακός νικώντας τον Άρη στη Θεσσαλονίκη, ήταν αυτός που κατέκτησε το πρωτάθλημα.
Η ΑΕΚ και ο Σάντος πήραν την “εκδίκησή” τους κερδίζοντας τον Ολυμπιακό με 2-1 στον τελικό του Κυπέλλου του 2002.
Στην Ευρώπη, η ΑΕΚ αποκλείστηκε στους “16” του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ από την Ίντερ του Έκτορ Ραούλ Κούπερ, του Ρονάλντο, αλλά και του Γρηγόρη Γεωργάτου, που μετά το τέλος της χρονιάς αποκτήθηκε από την ΑΕΚ.
“Με τον Σάντος καταλάβαμε τι είναι τακτική,μέχρι τότε τα πράγματα,μας φαινόταν πολύ απλά στην προπόνηση.
Ο Σάντος μας έδειξε πώς είναι να είσαι επαγγελματίας,μας ολοκλήρωσε ως ποδοσφαιριστές.
Ενας Δάσκαλος του ποδοσφαίρου.”
Ντέμης Νικολαΐδης
Το καλοκαίρι του 2004, στο νέο ξεκίνημα της ΑΕΚ με τον Ντέμη Νικολαΐδη στον προεδρικό θώκο, ο Σάντος κλήθηκε ξανά να αναλάβει τα ηνία της ομάδας, φέρνοντας μάλιστα τους Πάουλο Ασουνσάο και Μπρούνο Άλβες από την Πόρτο.
Με τον κόσμο να στηρίζει την ομάδα και το ΟΑΚΑ να είναι σχεδόν κατάμεστο κάθε αγωνιστική (60.000 απέναντι στον Ολυμπιακό και 52.000 απέναντι στον Παναθηναϊκό), η ΑΕΚ έκανε εξαιρετική πορεία στο πρωτάθλημα, καταφέρνοντας να μη χάσει σε κανένα ντέρμπι και τις τελευταίες αγωνιστικές ήταν φαβορί για να κατακτήσει τον τίτλο.
Την 28η αγωνιστική όμως, στον εντός έδρας αγώνα με τον Ιωνικό, όπου η ΑΕΚ έχανε τη μια ευκαιρία μετά την άλλη, γνώρισε την ήττα, υποχωρώντας στην τρίτη θέση.
Την επόμενη αγωνιστική, στο ντέρμπι με τον Παναθηναϊκό στη Λεωφόρο, η ΑΕΚ έμεινε στο 0-0, μην καταφέρνοντας να πάρει ούτε τη δεύτερη θέση που θα την έστελνε στα προκριματικά του Champions League της επόμενης περιόδου.
Την περίοδο 2005-06 η ΑΕΚ κατάφερε τελικά να πάρει το πολυπόθητο εισιτήριο για τα προκριματικά του Champions League, τερματίζοντας δεύτερη σε ευνοϊκή ισοβαθμία με τον Παναθηναϊκό.
Επίσης αγωνίστηκε στον τελικό του Κυπέλλου όπου ηττήθηκε από τον Ολυμπιακό με 3-0, ενώ στην Ευρώπη αποκλείστηκε από τη Ζενίτ.
Μετά το τέλος της χρονιάς, ο Σάντος αποφάσισε να φύγει από την ομάδα.
”Με τον Σάντος δεν έχασα χρόνο, τον ήξερα πολύ καλά.
Το νούμερο ένα που κοιτάς δεν είναι να πάρεις έναν παικταρά σέντερ φορ, είναι να πάρεις έναν προπονητή.
Ο Σάντος για εκείνη την ΑΕΚ ήταν πολυτέλεια.
Πήρε παίκτες τους οποίους είτε δεν τους ξέραμε είτε δεν ήταν πρώτης διαλογής και κατάφερε να παίξει ομαδικό ποδόσφαιρο. Εχοντας τον κόσμο, την εμπιστοσύνη της διοίκησης και χωρίς ανασφάλεια.”
Ντέμης Νικολαίδης
