Ο Ζιντάν ήταν βασικός παίκτης της Εθνικής Γαλλίας κατά τη διάρκεια της χρυσής περιόδου της 1998–2000, όταν και κέρδισε διαδοχικά το Παγκόσμιο Κύπελλο και το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα.
Έπαιξε το πρώτο διεθνές παιχνίδι του το 1994 (17 Αυγούστου σε φιλικό αγώνα απέναντι στην Τσεχία, 2–2) και μετείχε στην ομάδα για το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα του 1996, όπου η Γαλλία έφτασε στα ημιτελικά.
Στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 1998 αποβλήθηκε στο δεύτερο παιχνίδι της φάσης των ομίλων με αντίπαλο τη Σαουδική Αραβια και τιμωρήθηκε με αποκλεισμό για δύο αγώνες.
Όταν επανήλθε ήταν ο καταλυτικός παράγοντας της μετέπειτα πορείας της Γαλλίας στη φάση των νοκ-ουτ και πέτυχε επιπλέον δύο γκολ στον τελικό, όπου η Γαλλία κέρδισε τη θεωρούμενη ως φαβορί της διοργάνωσης Βραζιλία με 3–0, και τα δύο με κεφαλιές.
Ψηφίστηκε στην καλύτερη ενδεκάδα της διοργάνωσης.
Σημαντική ήταν και η συνεισφορά του στην κατάκτηση του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος του 2000, για την οποία ψηφίστηκε πολυτιμότερος παίκτης της διοργάνωσης.
Στον ημιτελικό απέναντι στην Πορτογαλία έκανε μία από τις καλύτερες εμφανίσεις της διεθνούς σταδιοδρομίας του χαρίζοντας τη νίκη στην ομάδα του στην παράταση μετά το ισόπαλο 1–1 της κανονικής διάρκειας του αγώνα.
Στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 2002 η Γαλλία αποκλείστηκε στη φάση των ομίλων.
Ο Ζιντάν έχασε τα πρώτα δύο παιχνίδια λόγω τραυματισμού και δεν κατάφερε να προσφέρει κάτι σημαντικό στο επόμενο. Στο Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα 2004 ο Ζιντάν ήταν ο αρχηγός της εθνικής.
Η Γαλλία αποκλείστηκε στα προημιτελικά από την Ελλάδα.
Τότε δήλωσε ότι αποχωρεί από την εθνική και αρχικά δεν μετείχε στους αγώνες για τα προκριματικά του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 2006.
Στη συνέχεια όμως επανήλθε, πάλι ως αρχηγός, και βοήθησε τη Γαλλία να προκριθεί.
Η τελική φάση του Παγκοσμίου Κυπέλλου 2006 διεξήχθη τον Ιούνιο-Ιούλιο στη Γερμανία.
Ο Ζιντάν, σε ηλικία 34 χρονών, είχε ήδη ανακοινώσει την αποχώρησή του από την ενεργό δράση.
Είχε παίξει το τελευταίο του συλλογικό παιχνίδι ένα μήνα πριν και είχε δηλώσει ότι μετά το τέλος της διοργάνωσης θα αποχωρήσει οριστικά από τα γήπεδα.
Παρόλ’ αυτά συνέβαλε σημαντικά στην επιτυχημένη πορεία της Γαλλίας μέχρι τον τελικό.
Η Γαλλία δεν έπαιξε ιδιαίτερα καλά στη φάση των ομίλων και τερμάτισε δεύτερη στον όμιλό της πίσω από την Ελβετία με πέντε βαθμούς μετά από μία νίκη και δύο ισοπαλίες.
Ο Ζιντάν είχε αποκλειστεί στο τελευταίο παιχνίδι της φάσης των ομίλων με το Τόγκο, αφού πήρε δύο κίτρινες κάρτες στους δύο πρώτους αγώνες.
Στον γύρο των “16” , η Γαλλία αντιμετώπισε την Ισπανία.
Ο Νταβίντ Βίγια σκόραρε από το σημείο του πέναλτι και έδωσε προβάδισμα στην Ισπανία στο 28ο λεπτό.
Ο Φρανκ Ριμπερί ισοφάρισε 13 λεπτά αργότερα.
Στο 83ο λεπτό, ο Ζιντάν επιχείρησε φάουλ στο ύψος του πέναλτι της Ισπανίας, το οποίο τελικά οδήγησε στην κεφαλιά του Πατρίκ Βιεϊρά βάζοντας τη Γαλλία μπροστά.
Ο Γάλλος αρχηγός σφράγισε τη νίκη σκοράροντας στο χρόνο των καθυστερήσεων στο προημιτελικό, η Γαλλία αντιμετώπισε τη Βραζιλία νικώντας με γκολ του Τιερί Ανρί μετά από ασίστ του Ζιντάν, η εμφάνιση του οποίου ήταν εντυπωσιακή.
Η Γαλλία αντιμετώπισε την Πορτογαλία στον ημιτελικό του Μονάχου και, όπως στις Βρυξέλλες έξι χρόνια νωρίτερα, το πέναλτι του Ζιντάν οδήγησε τους Γάλλους στον τελικό.
Στην κανονική διάρκεια του τελικού με την Ιταλία πέτυχε το μοναδικό γκολ της Γαλλίας με πέναλτι (με εκτέλεση «αλά Πανένκα»), αλλά οι Ιταλοί ισοφάρισαν με τον Ματεράτσι.
Με σκορ 1–1 το παιχνίδι οδηγήθηκε στην παράταση και στο 110ο λεπτό ο Ζιντάν έγινε ο πρωταγωνιστής ενός πολυσυζητημένου επεισοδίου, μαζί με τον αμυντικό της Ιταλίας Μάρκο Ματεράτσι.
Ο Ζιντάν, κτύπησε με κεφαλιά τον Ιταλό και τον έριξε στο έδαφος.
Ο διαιτητής δεν αντιλήφθηκε το επεισόδιο, καθώς ήταν μακριά από τη φάση, μετά όμως από συνεννόηση με το βοηθό διαιτητή απέβαλε το Ζιντάν.
Ήταν η 16η κόκκινη κάρτα της καριέρας του.
Η Γαλλία έχασε τον τίτλο, καθώς οι Ιταλοί επικράτησαν στα πέναλτι, ο ίδιος όμως ψηφίστηκε στην καλύτερη ομάδα της διοργάνωσης για δεύτερη φορά και καλύτερος ποδοσφαιριστήςτου Μουντιάλ.
Είναι ο μεγαλύτερος σε ηλικία παίκτης που κέρδισε το συγκεκριμένο βραβείο.
Η αποβολή ήταν άδοξο τέλος για τη διεθνή καριέρα του Ζιντάν, αλλά δεν κατάφερε να επισκιάσει τη μεγάλη προσφορά του στην ομάδα, ούτε την αξιολόγηση του ως ποδοσφαιριστή.
Επίσης είναι ένας από τους τέσσερις παίκτες που έχουν σκοράρει σε δύο διαφορετικούς τελικούς Παγκοσμίου Κυπέλλου (οι άλλοι είναι οι Πελέ, Βαβά και Πάουλ Μπράιτνερ).
Συνολικά έχει πετύχει τρία γκολ σε τελικούς, όσα και οι Πελέ, Βαβά και Τζεφ Χερστ.
Το 2002 ψηφίστηκε από τη ΦΙΦΑ στην ομάδα-όνειρο των Παγκοσμίων Κυπέλλων.
Το 2011 ήταν ένα από τα 15 πρώτα μέλη που εισήχθησαν στην Αίθουσα Φήμης του Ποδοσφαίρου (Hall of Fame) στην Πατσούκα, της πολιτείας Ιδάλγο του Μεξικού.
