Μετά από δύο χρόνια στην Ίντερ, ο Ζέεντορφ μετακόμισε στο αντίπαλον δέος της πόλης, στη Μίλαν, το 2002, στα πλαίσια ανταλλαγής με τον Φραντσέσκο Κόκο.
Κέρδισε το Κόπα Ιτάλια με τη Μίλαν το 2003,ενώ την ίδια χρονιά ο Ζέεντορφ κατέκτησε για τρίτη φορά το Τσάμπιονς Λιγκ και εγινε ο πρώτος παίκτης που κατακτά το Τσάμπιονς Λιγκ με τρεις διαφορετικές ομάδες.
Την επόμενη σεζόν ο Ζέεντορφ έπαιξε μεγάλο ρόλο στην κατακτηση του πρωταθλήματος.
Ήταν επίσης η τέταρτη κατάκτηση εθνικού πρωταθληματος στην καριέρα του, μετά από δύο πρωταθλήματα Ολλανδίας με τον Άγιαξ και ένα πρωταθλημα Ισπανιας με την Ρεαλ.
Το 2007 στον τελικό του Τσάμπιονς Λιγκ που έλαβε χώρα στο ΟΑΚΑ με αντίπαλο την Λίβερπουλ, η Μίλαν κέρδισε με 2-1 με τον Ζέεντορφ να προσθέτει στη συλλογή του τον τέταρτο τίτλο Τσάμπιονς Λιγκ.
Την ίδια χρονιά, ο Ζέεντορφ αποτέλεσε βασικότατο μέλος των Ροσονέρι που κατέκτησε το Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Συλλόγων,αποτελώντας έτσι τον πρώτο Ευρωπαίο παίκτη που θα κατακτήσει αυτό τον τίτλο με τρεις διαφορετικές ομάδες.
Στο τέλος της σεζόν 2006-07 ο Ζέεντορφ ψηφίστηκε ως ο καλύτερος μέσος του Τσάμπιονς Λιγκ.
Στις 4 Δεκεμβρίου έπαιξε το εκατοστό του παιχνίδι στο Τσάμπιονς Λιγκ με αντίπαλο την Σέλτικ Γλασκώβης.
Στη Μίλαν, ο Ζέεντορφ ειχε εξαιρετική συνεργασία στη μεσαία γραμμή με τους Τζενάρο Γκατούζο και Αντρέα Πίρλο, τριάδα που παρέμενε αναλλοίωτη από τη σεζόν 2002-03.
Αυτό το τρίο της μεσαίας γραμμής των Μιλανέζων εξακολουθούσε να χρησιμοποιείται στην αρχική ενδεκάδα μέχρι την σεζόν 2011-2012 όταν και ο Πίρλο αποχώρησε από τους Rossoneri το καλοκαίρι του 2011.
Υπό την καθοδήγηση του προπονητή Κάρλο Αντσελότι, ο ρόλος τους ήταν να υποστηρίξει τον επιθετικό μέσο, είτε επρόκειτο για τον Ριβάλντο, τον Ρούι Κόστα, τον Κακά ή τον Ροναλντίνιο.
Ο Ζέεντορφ έγινε ο ξένος με τις περισσότερες εμφανίσεις με την φανέλα της Μίλαν μετά από έναν αγώνα απέναντι στην πρώην ομάδα του στην Ιταλία, τη Σαμπντόρια, στην διάρκεια του οποίου πέτυχε γκολ.
Με 395 εμφανίσεις, πέρασε τον Νιλς Λίντχολμ που ήταν και ο κάτοχος αυτού του ιστορικού ρεκόρ.
Κατά τη διάρκεια του αγώνα με τη Σαμπντόρια, έγινε επίσης ο ένατος κορυφαίος ξένος σκόρερ στην ιστορία της Μίλαν, με 58 γκολ.
Στις 29 Μαρτίου 2010, ο Ζέεντορφ έγινε στόχος ρατσιστικών συνθημάτων από τους οπαδούς της Λάτσιο στη διάρκεια ισοπαλίας με 1-1, με αποτέλεσμα να επιβληθεί στον σύλλογο της Αιώνιας Πόλης πρόστιμο ύψους 15.000 ευρώ από την Ιταλική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία.
Αυτό οδήγησε την Ένωση Ποδοσφαιριστών της Ιταλίας να απαιτήσει τον “εξοστρακισμό” του ρατσισμού από τα γήπεδα της Σέριε Α.
Κατέκτησε το δεύτερό του πρωτάθλημα με τη Μίλαν τη σεζόν 2010-11, όπου για άλλη μια φορά έπαιξε καθοριστικό ρόλο.
Σημείωσε τέσσερα γκολ σε τριάντα έξι εμφανίσεις στη σεζόν 2010-11, εντυπωσιακός αριθμός για έναν μέσο ηλικίας 35 χρονών.
Clarence Clyde Seedorf
