Ο Χρήστος Κωστής, ξεκίνησε την επαγγελματική του καριέρα, στην ηλικία των 17 ετών, από τον Ηρακλή Θεσσαλονίκης και σύντομα εντυπωσίασε με τις ικανότητές του.
Η καριέρα του στον σύλλογο της Θεσσαλονίκης πήγαινε από το καλό στο καλύτερο και από πολύ νωρίς είχε γίνει απαραίτητο στέλεχος της ομάδας.
Το καλοκαίρι του 1994, ο Ολυμπιακός και η ΑΕΚ, “πάλεψαν” για να τον αποκτήσουν κι ενώ ο ίδιος είχε πληροφορηθεί πως ταξίδευε στον Πειραιά για να υπογράψει με τον Ολυμπιακό, μόλις έφτασε στην Αττική, τον περίμεναν οι άνθρωποι της ΑΕΚ, καθώς ήταν αυτοί που τελικά είχαν κάνει καλύτερη πρόταση στον Ηρακλή.
Στη νέα του ομάδα, έκανε σπουδαίες εμφανίσεις στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, κατέκτησε δύο φορές το Κύπελλο Ελλάδας και μια φορά το Σούπερ Καπ.
Στις 23 Οκτωβρίου του 1997 τραυματίστηκε σοβαρά (κάταγμα κνήμης και περόνης) σε ευρωπαϊκό αγώνα με τη Στουρμ Γκρατς.
Στο τέλος της περιόδου 1997-98 και παρόλο που δεν αγωνίστηκε ξανά, υπέγραψε συμβόλαιο συνεργασίας με την Άντερλεχτ αλλά παρέμεινε σχεδόν ενάμιση χρόνο ακόμα τραυματίας, με υποτροπές, ενώ όποτε επέστρεφε στις προπονήσεις, δεν κατάφερνε να επανέλθει σε υψηλό επίπεδο φυσικής κατάστασης και να θυμίσει τον ποδοσφαιριστή με την άριστη τεχνική.
Αποχώρησε το 2000, χωρίς να αγωνιστεί ούτε μια φορά για τον βελγικό σύλλογο.
Η επιστροφή του στους αγωνιστικούς χώρους αλλά και στην ΑΕΚ, έγινε το 2000 και παρέμεινε στην “Ένωση” μέχρι το 2005, κατακτώντας ένα ακόμα Κύπελλο το 2002.
Τη συγκεκριμένη χρονιά όμως στάθηκε και πάλι άτυχος καθώς στον αγώνα με τον Απόλλων Αθηνών για το Κύπελλο Ελλάδας στις 19 Δεκεμβρίου 2002, έσπασε το πόδι του στο ίδιο σημείο, με τον προηγούμενο τραυματισμό του.
Ουσιαστικά, από το 2002 έως το 2005, δεν επανήλθε ποτέ σε υψηλό επίπεδο, καθώς οι συμμετοχές που πήρε ήταν ελάχιστες, κυρίως ως αλλαγή σε αγώνες κυπέλλου και φιλικούς.
Την περίοδο 2005/06, στα 33 του πλέον, πραγματοποίησε μια τελευταία γεμάτη χρονιά, στην κυπριακή Αλκή Λάρνακας.
Το 2006, αγωνίστηκε δύο φορές για τον Άγιαξ Κέιπ Τάουν, ομάδα της Νοτίου Αφρικής, πριν αποχωρήσει οριστικά από την ενεργό δράση.
