Γεννημένος στο Μοντεβιδέο, ο Pandiani ξεκίνησε την καριέρα του με την ομάδα της γενέτειράς του Progreso, μετακομίζοντας πρώτα στην Basáñez και μετά στην Peñarol.
Τον Δεκέμβριο του 1999 συμφώνησε να ενταχθεί στην Ντεπορτίβο Λα Κορούνια ως αντικαταστάτης του συμπατριώτη του Σέρχιο Μαρτίνεζ και η μεταγραφή ολοκληρώθηκε επίσημα τον Ιανουάριο, όταν υπέγραψε συμβόλαιο για πέντε χρόνια.
Ο Παντιάνι έκανε το ντεμπούτο του στις 27 Αυγούστου 2000, προερχόμενος από τον πάγκο, στην θέση του Ντιέγκο Τριστάν, σε μια νίκη με 2–0 επί της Εσπανιόλ στο Riazor στον επαναληπτικό αγώνα για το Supercopa de España.
Παρόλο που δεν ήταν ποτέ αδιαμφισβήτητα βασικός για την ομάδα της Γαλικίας, ήταν ένα από τα πιο σημαντικά επιθετικά στοιχεία της, σκοράροντας συχνά ως αλλαγή.
Κατά τη διάρκεια της θητείας του στην Deportivo, ο Pandiani αγόρασε ένα μεγάλο κόκκινο φορτηγό το οποίο οδηγούσε για να πηγαίνει στην προπόνηση, ένα είδος οχήματος του οποίου είναι λάτρης.
Το παρατσούκλι που του έδωσε ήταν “El Rifle” ενώ πάντα υπήρχε μια σημαία της Ουρουγουάης και τα εμβλήματα της Ντεπορτίβο και της Peñarol.

”Τρέχω και τρέχω και δεν χορταίνω.

Είμαι επιθετικός υψηλής πίεσης.

Είμαι ο πρώτος αμυντικός της ομάδας.

Δεν μου άρεσε όταν οι αμυντικοί άλλαζαν μπάλα, χωρίς να τους ενοχλεί κανείς.

Μια φορά πέρασα ως αλλαγή, όταν η Μπαρτσελόνα μας κέρδιζε 0-2 και ο Πουγιόλ μου είπε…

′′Μπήκες μέσα για να μας ζαλίσεις τα αρχ…??”.

Το παιχνίδι τελείωσε 2-3 για την Μπάρτσα. ′′

Βάλτερ Παντιάνι

Τα δύο γκολ δικά του!!