Η Παρτιζάν ιδρύθηκε στις 4 Οκτωβρίου 1945 στο Βελιγράδι, ως ποδοσφαιρικό τμήμα του Κεντρικού Οίκου του Γιουγκοσλαβικού Στρατού “Partizan” και ονομάστηκε έτσι προς τιμήν των Παρτιζάνων, του κομμουνιστικού στρατιωτικού σχηματισμού που πολέμησε κατά του φασισμού κατά τη διάρκεια του Β’ ’Παγκοσμίου Πολέμου στην Γιουγκοσλαβία.
Ο σύλλογος δημιουργήθηκε και αρχικά διοικείται από ομάδα νέων αξιωματικών του Γιουγκοσλαβικού Λαϊκού Στρατού και βετεράνων του Ισπανικού Εμφυλίου Πολέμου.
Μεταξύ αυτών ήταν ο Κόσα Πόποβιτς, ο Πέκο Ντάπσεβιτς, ο Μπογκντάν Βουχόσεβιτς, ο Μιάλκο Τοντόροβιτς, ο Οτμαρ Κρέασιτς, ο Μπόσο Σβαρτς και πρόεδρος, ο Ράτκο Τσότσε Βούγιοβιτς.
Δύο ημέρες μετά την ίδρυσή της, η Παρτιζάν έκανε το πρώτο της βήμα στην ποδοσφαιρική σκηνή, με τον φιλικό αγώνα εναντίον της Ζέμουν που έληξε 4–2.
Ο Silvester Šereš μπήκε στα βιβλία τςη ιστορλιας της Παρτιζάν ως ο πρώτος σκόρερ στην ιστορία της ομάδας, ενώ ο τερματοφύλακας Φράνιο Γκλάσερ ήταν ταυτόχρονα και ο πρώτος προπονητής του συλλόγου.
Μόλις τρεις εβδομάδες αργότερα, η Παρτιζάν πήγε στην πρώτη από τις πολλές διεθνείς περιοδείες, ταξιδεύοντας στην Τσεχοσλοβακία όπου κέρδισε την επιλογή του Σλοβακικού Στρατού με 3-1.
Εκείνη την εποχή, λίγους μήνες μετά το τέλος του Β ‘Παγκοσμίου Πολέμου στη Γιουγκοσλαβία, κανένας οργανωμένος αγώνας ποδοσφαίρου δεν υπήρξε, οπότε η Παρτιζάν έπαιζε μόνο φιλικά παιχνίδια και τουρνουά τόσο στο εσωτερικό όσο και στο εξωτερικό.
Η πρώτη διεθνής συμμετοχή του συλλόγου ήταν μια συνάντηση εναντίον μιας άλλης στρατιωτικής ομάδας, της ΤΣΣΚΑ Μόσχας από την τότε Σοβιετική Ένωση, στις 6 Δεκεμβρίου 1945 στο Βελιγράδι.
Grobari (Νεκροθάφτες) και Crno-beli (Μαυρόασπροι) τα παρατσούκλια των οπαδών της ομάδας.
