Ξεκίνησε το ποδόσφαιρο στη γενέτειρά του και συγκεκριμένα στον Αετό Λουτρών από όπου τον εντόπισε ο Τόνι Σαβέβσκι, ο οποίος και τον έφερε στην ΑΕΚ, ομάδα που ο ίδιος υποστήριζε από μικρός.
Ξεκίνησε από τα τμήματα υποδομής του συλλόγου και την περίοδο 2006-07 αναδείχτηκε πρώτος σκόρερ της ομάδας Νέων.
Το καλοκαίρι του 2007 έλαβε μέρος στην προετοιμασία της επαγγελματικής ομάδας και στους πρώτους φιλικούς αγώνες προετοιμασίας σημείωσε 4 γκολ.
Οι καλές του εμφανίσεις είχαν ως αποτέλεσμα να προβιβαστεί στην επαγγελματική ομάδα από τον τότε προπονητή της “Ένωσης” Λορέντσο Σέρα Φερέρ, ενώ η καλή του παρουσία στον αγώνα της προκριματικής φάσης του Champions League κόντρα στη Σεβίλλη, στάθηκε αφορμή για να του δοθεί από μερίδα του τύπου ο χαρακτηρισμός του «νέου Ντέμη», παραλληλίζοντάς τον με τον τότε πρόεδρο και παλιά σημαία της ομάδας, Ντέμη Νικολαΐδη, κάτι το οποίο δεν αποδέχτηκε.
Κατά τις δύο πρώτες χρονιές του στην ΑΕΚ, ο Παυλής σημείωσε 2 τέρματα σε 15 αγώνες, αγωνιζόμενος κυρίως ως αλλαγή.
Κατά τη μεταγραφική περίοδο του Ιανουαρίου του 2010 δέχτηκε αρκετές κρούσεις ώστε να αγωνιστεί σε άλλη ομάδα με τη μορφή δανεισμού (ΟΦΗ, Παναιτωλικός), ο ίδιος όμως αρνήθηκε θέλοντας να παραμείνει στην ΑΕΚ και να περιμένει ευκαιρίες.
Τον Μάιο του 2010 διαγνώστηκε πως αντιμετώπιζε πρόβλημα σκλήρυνσης κατά πλάκας.
Ξεκίνησε θεραπεία ενώ όπως παραδέχθηκε σε συνέντευξή του «…οι γιατροί δεν ήξεραν με σιγουριά τι μπορεί να συμβεί στο μέλλον και μου είπαν και αυτό το ενδεχόμενο ότι μπορεί να μην παίξω ξανά…».
Τον Αύγουστο του 2010 συμφωνήθηκε να παραχωρηθεί αρχικά με τη μορφή δανεισμού στον Α.Ο. Τρικάλων ώστε να λάβει χρόνο συμμετοχής, κάτι που θα ήταν πολύ δύσκολο στην ΑΕΚ λόγω της παρουσίας των Λυμπερόπουλου, Τζεμπούρ και Μπλάνκο.
Η μετακίνησή του στη θεσσαλική ομάδα, αν και αρχικά συμφωνήθηκε και ανακοινώθηκε (συμμετείχε και σε δύο φιλικούς αγώνες) τελικά ματαιώθηκε, για να συμφωνήσει εν συνεχεία ως ελεύθερος (καθώς δεν ανανεώθηκε το συμβόλαιό του με την ΑΕΚ), με τον Εθνικό Αστέρα, στον οποίο παρέμεινε για έξι μήνες.
Τον Ιανουάριο του 2011 συμφώνησε με τον Ελπιδοφόρο που αγωνιζόταν στη Δ΄ Εθνική, όπου παρέμεινε για έναν χρόνο, ενώ με το ξεκίνημα της επόμενης χρονιάς (2012), εντάχθηκε στην Καβάλα, που επίσης αγωνιζόταν στη Δ΄ Εθνική.
Το καλοκαίρι του 2012 αυτοπροτάθηκε στην ΑΕΚ και ξεκίνησε αρχικά προετοιμασία με την ομάδα,υπογράφοντας τελικά συμβόλαιο στις 21 Αυγούστου, καθώς ικανοποίησε τον προπονητή Βαγγέλη Βλάχο.
Παρά το γεγονός ότι στο τέλος της περιόδου η ΑΕΚ υποβιβάστηκε, ο ίδιος ανανέωσε τη συνεργασία του με τον σύλλογο, όμως στις 2 Ιανουαρίου 2014, με ανακοίνωσή του, ενημέρωσε ότι αποχωρεί οριστικά από την ενεργό δράση, καθώς το πρόβλημα υγείας που αντιμετωπίζει τα τελευταία τέσσερα χρόνια δεν του επιτρέπει να συνεχίσει να αγωνίζεται.
Ο Μιχάλης Παυλής στις 2 Ιανουαρίου του 2014 ανακοίνωσε την απόφασή του να σταματήσει το ποδόσφαιρο.
«Αντίο. Το ωραιότερο παραμύθι της ζωής μου, δυστυχώς τελειώνει εδώ.
Με μεγάλη μου λύπη, ανακοινώνω την απόφασή μου να αποχωρήσω από την ενεργό δράση.
Δυστυχώς το πρόβλημα υγείας που αντιμετωπίζω, δεν μου επιτρέπει να συνεχίσω να προσφέρω τις υπηρεσίες μου στην ομάδα που λάτρεψα από μικρό παιδί και με την οποία είχα, έχω και θα έχω συμβόλαιο καρδιάς.
Υπερέβαλλα εαυτόν τα τελευταία τέσσερα χρόνια, κάνοντας αρκετές θυσίες για να καταπολεμήσω το πρόβλημά μου.
Όμως όπως όλοι γνωρίζετε, το επάγγελμα του ποδοσφαιριστή, απαιτεί απόλυτη συγκέντρωση, συνεχή πίεση, καταπόνηση του οργανισμού και ένταση δουλειάς στο μάξιμουμ.
Όλα αυτά ωστόσο δεν μου επέτρεπαν να είμαι καλά στην υγεία μου.
Θέλω να ευχαριστήσω αρχικά την οικογένειά μου και όσους στάθηκαν δίπλα μου για τη στήριξη που μου παρείχαν όλα αυτά τα χρόνια.
Οφείλω ένα τεράστιο ευχαριστώ στον υπέροχο κόσμο της ΑΕΚ ο οποίος με αγκάλιασε από παιδί και σε κάθε μου συμμετοχή με έκανε να αισθάνομαι ευλογημένος που φοράω τη φανέλα του μεγαλύτερου συλλόγου στην Ελλάδα.
Επίσης θέλω να ευχαριστήσω την ΑΕΚ για τις ευκαιρίες που μου έδωσε και κυρίως την κατανόηση και τη στήριξη που μου παρείχε στο πρόβλημά μου.
Aπό εδώ και στο εξής δε θα έχω τη δυνατότητα να βοηθήσω την αγαπημένη μου ομάδα μέσα στους αγωνιστικούς χώρους, όμως θα είμαι πάντα υπηρέτης του εμβλήματος και των ιδανικών που πρεσβεύει ο σύλλογος, από οποιοδήποτε πόστο.
Είμαι βέβαιος ότι η περιπέτεια και η περιπλάνηση της ΑΕΚ στα μονοπάτια των μικρών κατηγοριών θα τελειώσει το συντομότερο δυνατό.
Εύχομαι από τα βάθη της καρδιάς μου να επιστρέψει άμεσα και εκεί που της αξίζει.
Στο σπίτι της και στην κορυφή.
Μετά τιμής
Μιχάλης Παυλής
«Από το 2010 που διαγνώστηκε η ασθένεια μέχρι σήμερα, λέω δόξα τω θεώ που είμαι όρθιος.
Το μόνο που έχω να πω είναι ότι τα δύσκολα είναι για τους δυνατούς.
Χιλιάδες κόσμου έχει τα δικά του προβλήματα, ανεβαίνει το δικό του Γολγοθά.
Εξακολουθώ να κάνω αυτό που αγαπάω.
Ο,τι δεν κατάφερα εγώ ελπίζω να το κάνει κάποιος από τους παίκτες μου».
