Ο Εδεσσαϊκός, στο πρόσφατο παρελθόν γνώρισε αρκετές επιτυχίες.
Αγωνίστηκε στην Α’Εθνική επί πέντε σεζόν και κατέκτησε το Βαλκανικό Κύπελλο το 1993 επικρατώντας σε διπλούς αγώνες της βουλγαρικής Έταρ Βελίκο Τάρνοβο.
Μέχρι τη χρονιά που προβιβάστηκε στην Α΄ Εθνική, το 1992, κατείχε την 3η θέση στην αθροιστική βαθμολογία όλων των εποχών της Β΄ Εθνικής, μετά τον Ατρόμητο Περιστερίου και τον Μακεδονικό.
Ως έδρα χρησιμοποιεί το Δημοτικό Στάδιο Έδεσσας που βρίσκεται στο κέντρο της πόλης, χωρητικότητας περίπου 4.000 θεατών.
Το ρεκόρ προσέλευσης καταγράφηκε στην πρεμιέρα του Εδεσσαϊκού στην Α΄ Εθνική, στις 6 Σεπτεμβρίου 1992, εναντίον του Ολυμπιακού, όταν κόπηκαν 8.500 εισιτήρια.
Το ποδόσφαιρο στην Έδεσσα ήταν γνωστό από την περίοδο της τουρκοκρατίας.
Το 1908 αναφέρεται η ποδοσφαιρική ομάδα «Ελπίς», της οποίας σώζεται φωτογραφία.
Μετά το 1922, ιδρύθηκαν διάφοροι ποδοσφαιρικοί σύλλογοι, όπως η «Νέα Γενιά» (1928), ο «Ηρακλής» (1926), ο «Άρης» (1926) και μεταπολεμικά ο «Εθνικός» (1949).
Ποδοσφαιρικό τμήμα δημιούργησε και ο πολιτιστικός σύλλογος «Μέγας Αλέξανδρος» την περίοδο 1922-1933.
Το 1960 συγχωνεύτηκαν τρεις σύλλογοι της πόλης: ο Άρης, ο Ηρακλής και ο Εθνικός και δημιούργησαν τον «Εδεσσαϊκό Αθλητικό Σύλλογο».
Χρώματα της νέας ομάδας ορίστηκαν το πράσινο και το λευκό και ως σύμβολο η τρίαινα του θεού Ποσειδώνα.
Εκτός από το ποδόσφαιρο ο Εδεσσαϊκός είχε και τμήμα στίβου ως το 1980 περίπου.
Μάλιστα τη δεκαετία του 1960, τρεις φορές πήρε τη δεύτερη θέση στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα γυναικών (1963, 1965 και 1966).
Η γνωστότερη αθλήτρια την οποία ανέδειξε ήταν η δισκοβόλος Βάσω Καραφύλλη, η οποία κατέρριψε πολλές φορές το πανελλήνιο ρεκόρ.
Το 1975 έριξε 55,10 μ., ρεκόρ που παρέμεινε ως το 1993.
Στην Α΄ Εθνική έμεινε πέντε περιόδους, από το 1992-93 ως το 1996-97.
Τις δύο πρώτες πάλεψε για να σωθεί και τερμάτισε στη 14η θέση με ηγέτη το Βούλγαρο Κόλεφ.
Ακολούθησαν δυο πολύ καλές σεζόν, τις οποίες τερμάτισε στη δέκατη (1994-95) και στην ένατη θέση (1995-96).
Το βασικό κορμό της επιτυχημένης περιόδου 1994-95 αποτελούσαν οι: Νεοφώτιστος, Ράμπουσιτς, Καραϊσαρίδης, Τσόπτσης, Κόλεφ, Κουτσουρές, Πασσαλής, Στέφανος Μπορμπόκης, Νασιόπουλος, Κότσυφας και οι βετεράνοι Κυριάκος Αλεξανδρίδης (34 ετών) και Τσολερίδης (35 ετών).
Το 1995-96 αποχώρησαν οι Πασσαλής, Αλεξανδρίδης, Μπορμπόκης, Τσολερίδης αλλά η ομάδα τους αντικατέστησε επάξια με τους: Καστανιώτη, Τελίδη, Χαραλάμπους, Βούζα, Οικονομίδη, Σαμώλη, Φερεκίδη και Ανδρεάδη.
Τελικά τερμάτισε στην ένατη θέση, την υψηλότερη στην ιστορία της.
Το 1995 έφτασε ως τα ημιτελικά του Κυπέλλου Ελλάδος, που αποτελεί τη μεγαλύτερη διάκριση της ομάδας στο θεσμό αυτό.
Ακολούθησε μια μέτρια χρονιά με οικονομικά προβλήματα και στο τέλος της σεζόν 1996-97 ο Εδεσσαϊκός αποχαιρέτισε την Α΄ Εθνική, χωρίς να καταφέρει να επανέλθει από τότε.
Κορυφαία στιγμή για το σύλλογο στην επιτυχημένη δεκαετία του ’90 υπήρξε η κατάκτηση του Βαλκανικού Κυπέλλου.
Αποτελεί το σημαντικότερο τρόπαιο στην ιστορία του Εδεσσαϊκού αν και ο θεσμός είχε χάσει την παλιά του λάμψη.
Η ομάδα συμμετείχε στη διοργάνωση της σεζόν 1992-93 και προκρίθηκε ως τον τελικό.
Εκεί αντιμετώπισε τη βουλγαρική Έταρ Βελίκο Τάρνοβο.
Στο πρώτο ματς ηττήθηκε με 0-1 αλλά στη ρεβάνς υπερίσχυσε με 3-1 κατακτώντας το κύπελλο.
