Οι τούρκοι πυρπολούν και ξεθεμελιώνουν τις Κυδωνίες – Αϊβαλί ως αντίποινα για την Επανάσταση.
Βάζουν φωτιά σε 20 διαφορετικά σημεία της πόλης.
Χιλιάδες σφαγιάζονται ή πωλούνται δούλοι στα σκλαβοπάζαρα της Ανατολής.
Όσοι ελάχιστοι διασώζονται από πλοία του ελληνικού στόλου υπό τον ναύαρχο Τομπάζη, φθάνουν στα νησιά και την ηπειρωτική Ελλάδα. Εντάσσονται στον Αγώνα. Ξοδεύουν σ’ αυτόν όλη την κινητή περιουσία τους που μπόρεσαν να διασώσουν.
Η ακίνητη περιουσία τους δημεύτηκε και καταστράφηκε στην Μ. Ασία. Αιτίες:
1. Η Επανάσταση, 2. Οι 400 Φιλικοί της πόλης (όπου κατοικούσαν μόνο Έλληνες), 3. τα προνόμια, η οικονομική – πνευματική ευμάρεια (Ακαδημία Κυδωνιών κ.ά)., 4. Η οικονομική βοήθεια στην προετοιμασία του Αγώνα. Αφορμή: Η ανατίναξη τούρκικου δίκροτου στην Ερεσό, από τον Τομπάζη, 17 / 5 /1821.
Μετά την Απελευθέρωση οι Έλληνες αδελφοί δεν τους δέχθηκαν ως ισότιμα μέλη της πολιτικής και κοινωνικής ζωής της ελεύθερης Ελλάσας.
Το 1856, με το Χάττι Χουμαγιούν, εξαναγκάστηκαν να επιστρέψουν πολλοί στις Κυδωνίες και Μοσχονήσια με κίνδυνο της ζωής τους, αφού οι τούρκοι τους θεωρούσαν αντάρτες εναντίον της “νομίμου και θεαρέστου εξουσίας τους”.
Αγόρασαν πάλι τα κτήματά τους, ξαναέστησαν τα σπιτικά τους.
Η ελεύθερη κοινή πατρίδα για την οποίαν πολέμησαν και αυτοί δεν τους παραχώρησε γη να μείνουν εδώ.
Το 1914 υπέστησαν δεύτερο διωγμό και εκτοπίσεις στο εσωτερικό της Μ. Ασίας. Το 1922, σφαγιάστηκαν και καταστράφηκαν ολοσχερώς. Μεταξύ των χιλιάδων θυμάτων οι Μητροπολίτες Μοσχονησίων άγιος Αμβρόσιος και Κυδωνιών άγιος Γρηγόριος, καταγόμενος από την Μαγνησία Μ. Ασίας
